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北门屿教会位於乌脚病医疗纪念馆区域内，一旁就是有着绝美夕阳的永隆沟，白色教堂营造出北门盐乡的白色浪漫，常有新人到此拍摄婚纱，除了教会建筑本身，後方的小白宫也成为许多人拍照的取景地点。

教会的设立大约在西元1959年，是为了当地受到乌脚病所苦的病患所设，当时居民因常年喝含砷的地下水而得到乌脚病，病患最後常必须截肢，许多患者因此承受病痛的磨难，教会的设立也让他们得到心灵上的救赎与寄托，当时教会与王金河医师合作，教会以信仰治疗心理，医生以医学治疗疾病，至今仍受到许多北门民众的景仰，也让北门屿教会成为北门盐乡重要的记忆。