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鹿耳门天后宫於民国66年动土改建，以陈宗乾的构思设计，采传统孔庙古制「殿堂式」回字型格局配置，由三川殿、後殿及左右厢房将正殿围绕於中央，再以两条廊道由三川殿连接至正殿，正殿立於抬高九阶的台基之上，後殿较正殿少二阶，均采抬高处理，以凸显其庄严性。 庙埕正面之牌坊作三间处理，庙左前方置接官亭、右前方九龙坛，三者均为临时性之仿古建物。

鹿耳门天后宫的台江迎神祭，乃鹿耳门天后宫妈祖的出巡遶境，为绥靖地方、联谊友庙，经由妈祖神示而举办，过去曾於1961年、1962年、1984年、1996年、2005年、2012及2021年办理（2005年之後以「台江迎神祭」名义办理），每次场面都很盛大，往往造成轰动，第三日回到鹿耳门天后宫入庙，更是神轿、阵头齐聚，是民俗界的大盛会，是观赏台南阵头表演的绝佳时机。