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清王宫位於台南市最南端仁德区二行里(旧称二层行)，虽为小村庄，却蕴藏珍贵台湾历史，二层行为荷据时期汉人开垦据点，郑氏时期，郑成功在台南赤嵌设东都明京，於二层行设置万年县治，建衙署，民国97年12月14日原台南县政府於清王宫广场设置「古万年县治纪念碑」。

清王宫前临二层行溪，荷据时期称「清水溪」，明清以後称「二赞行溪」，咸丰、同治年间称为「二层行溪」，民国49年台湾省政府改称「二仁溪」，二层行桥位於清王宫庙前；康熙59年(西元1720年)陈文达《台湾县志》记载「二层行桥在文贤里，春秋之间，架竹为桥，上覆以土，可通马车，夏秋水涨，以小舟渡人。桥原系凤山县界」。日治时期开辟纵贯铁路，於大正10年(西元1921年)在二层行溪新建水泥桥，此桥讫今依旧存在。

清王宫创建於嘉庆3年(西元1789年)，庙址附近原为郑氏时期万年县、州治遗址，也是万年县、州之行政中心，其地位仅次於东都明京和承天府。郑氏时期万年县、州之协防将领因公殉职後葬於二层行东北边，後人为感念其功，常至墓前瞻拜，逐渐威灵显赫，为庄民所共仰。驻守二层行北边之盐水埔汛外委(位阶如今之警察机关分驻所所长)董咏有感於神威，乃倡议建庙，获地方耆老和信众赞同与相助，乃鸠资兴建。

庙成後，为纪念开台圣王及对万年县、州具有贡献者，以延平王朱(郑)成功为朱府千岁(大千岁)；以万年州首任知府谢岩为谢府千岁(二千岁)；以因公殉职协防将领为清府千岁(三千岁)，合称「三府千岁」。当时为防止有反清复明之嫌，将庙名订为「清王庙」，主祀「清府千岁」。