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台南转运站以浅基础建筑工法搭配货柜堆叠组合所建构而成，使用绿建材可回收货柜来保留空间运用弹性，有别於一般传统钢筋水泥建筑物的刻板限制。主站体东西两侧共使用64个20尺货柜堆叠，创造出营运所需的候车、售票、商业及业者办公等空间，此设计获2019WAF世界建筑奖入围。

台南转运站提供客运、公车、计程车、汽机车接送、租赁服务等多元运具转乘空间，站内设置专人服务台与多样化附属商业空间与活动，同时融合智慧科技与空间运用，塑造出使用者友善（亲子、无障碍、穆斯林）的空间环境。

▴ 设有261席的小客车停车格、492席的机车停车格。
▴ 汽车停车费率10元/半小时，单日收费上限100元/日。
▴ 机车停车费率5元/半小时，单日收费上限30元/日。
收费上限以单日为标准计费，隔日从零时重新起算；停车时数未满半小时者，以半小时计算收费；停车场所在里（长兴里设籍里民，享有里民月缴优惠），以及身心障碍者等亦享半价收费优惠。