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万福庵原为郑成功部将阮骏的府邸，建於明永历年间(西元1646~1683)，列为市定古蹟。

明永历年间(西元1656年)阮骏镇守舟山，离世後三年，阮骏夫人与明宗室後裔、遗老等随郑经来台，定居於宁靖王府後方，也就是现今之处，颂经礼佛、吃斋修行终其一生。阮夫人过世後，遂将其居所改为「阮夫人寺」，之後改称「万福庵」。

目前的万福庵照墙为原建物，已有300多年历史，外饰以白灰粉刷，照墙也称为「照壁」，是为了让外面的人不会直接看到屋内而设，也有风水挡煞之说。