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台南附近海岸，由荷兰时期起，经郑氏时期至清道光2年约200年之期间，安平是一座与台湾本岛不相连接的小岛，安平与台南海岸之间海面，当时称为台江湾，古代大型舰船均能进出，水深约在5～6公尺左右。安平为一连串沙洲之一，原名一鲲鯓，安平以南至现在之二仁溪口附近，另有六个沙洲，七个沙洲各称为一鲲鯓至七鲲鯓，安平以北隔一水道，与北线尾沙洲相望，此水道为进入台江湾之要道，荷兰人建筑热兰遮城（安平古堡）扼守。北线尾之北，隔鹿耳门与隙行港沙洲相望，亦为进入台江湾要口。

安平旧港口海岸，皆是砂质形成地，大雨时洪水由上流带土砂流下，受台湾海峡风浪抵滞，沈积而为细长沙洲，距离现在海事学校2公里的海外，形成左右沙洲，南至台南市下鲲鯓，北连新丰郡安顺庄(现安南区)，虽成港湾，因四季风浪洪水变化异常，两处通水处(即旧安平港口)隔水阔约400公尺，而港口全为浅者沙洲，常起波浪。其间虽有水道，但潮汐时最浅处只不过1公尺左右，且时起变化，风浪後水路位置全变，原有旧港口直线向东通至台南市旧运河，受土砂之堆积，於满潮时小舟难行，最後成为台南市排水沟。 旧运河之咽喉盐水溪下流至港口间每受洪水流砂堆积，阻塞舟路，运河之价值大失。乃从事港口改良，昭和6年（西元1931年）拟於旧港南方1公里，切割鲲鯓半岛连接新运河，开筑安平新港，昭和10年10月开工，经2年5个月，於昭和13年3月竣工。虽然规模不大，但是比旧港口的水深，低潮时水深3公尺，新港幅员100公尺，台南、澎湖间航行的货客机帆船及船舶，在干潮时可自由出入。港口南北岸兴建有水路护岸，岸端为长160公尺导流堤二条，南北导流堤前端设标识灯。 

为因应民众休闲亲水需求，安平商港南、北防波堤开放垂钓区并设置安全栏杆，目前开放(2020)情形为：北防波堤自海岸线起向外海延伸长度六百公尺；南防波堤自海岸线起向外海延伸长度一千六百公尺。