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明永曆15年(西元1661年），「二娘娘」的神像，隨鄭成功之水師，為航海守護神，由福建渡海來台。平台後，士兵分駐各地養軍墾荒，當時有鄭成功之部將率兵進駐大內「北仔尾」（後改稱國姓湖），並將二娘娘覓地安座，供奉膜拜。是時二娘娘展望南方高山三座，巍峨鼎立(按昔日蒙正庄至本庄山仔尾山岳連綿，山秀地靈，乃是安居吉祥之地)，於是指示駐軍遷居山仔頂，再由信士林電，恭迎二娘娘至現廟址之左前方，搭建草舍為廟，供奉二娘娘，而尊定了天后宮之開基。

咸豊元年(西元1851年)由於信徒日益增加，茅茨廟宇頓顯簡陋，不敷所需，始以土埆修葺，砌泥為牆，結構益臻完善。直至清光緒五年(西元1879年)因遭地震波及，廟身傾頹危岌，重修宮殿已刻不容緩，乃著手籌劃，於翌年遷建現址。

復由善化「茄菝天后宮」奉請大媽，再由善化「慶安宮」奉請三媽，各雕神像合祀，而二娘娘則改稱「二媽」。 隨後由大內大瓠崙奉請「玄天上帝」及列位神尊同祀，自此香火益見鼎盛，外境善男信女求安參拜者絡繹不絕。西元1912年增築兩側廂房，且進行廟身翻修工程。西元1928年復由楊清桂、林阮堅、林阮昌三位主事鳩資修整。 迨台灣光復後，由於歲月更迭，風雨剝蝕，致使廟宇破舊不堪，雖有熱心善眾提議重整，奈因財源拮据，不克舉建。其時媽祖神威顯赫，分在全台各地降壇救世，解除人間疾苦，各地分宮紛相成立，信徒日眾。

民國五十一年，始由當時廟宇管理人田章，村長林朝輝與該屆各委員，櫛風沐雨，熱心勸募，全體信眾踴躍捐輸，而於同年十月五日破土興工，隔年終於告竣。並擇吉日於民國五十三年十一月舉行清醮祭典，以祈祥祐福，祝禱國泰民安，恩慶同臨，科儀極肅穆莊嚴。(資料來源:山上天后宮官網)

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