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日治時期日人於三崁店糖廠設立神社。供奉能久親王、天照大神、豐受大神。神社是日本人的信仰中心，當時在台南區域內有多處神社，但靠近市區的大多已經毀壞或是改建消失，神社選址大多會選在環境幽靜，林木茂盛之處，三崁店神社便是最佳代表，因為較為隱密離市區稍遠，且位於糖廠中，時間演進中，神社上的木構造雖已消失，但仍可見完整的本殿、鳥居、手洗社、石燈、參道、社務所…等神社建築設施的基座，進到裡面有如走入隱密的林間神社遺跡中，一片綠意的樹林也保護了豐富的生態，雨後地面的積水倒映著整片遺址，猶如電影場景般的夢幻，平時也常有喜好生態攝影的遊客前來尋覓棲息於此秘境中珍貴的諸羅樹蛙。