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鹿耳門天后宮於民國66年動土改建，以陳宗乾的構思設計，採傳統孔廟古制「殿堂式」回字型格局配置，由三川殿、後殿及左右廂房將正殿圍繞於中央，再以兩條廊道由三川殿連接至正殿，正殿立於抬高九階的台基之上，後殿較正殿少二階，均採抬高處理，以凸顯其莊嚴性。 廟埕正面之牌坊作三間處理，廟左前方置接官亭、右前方九龍壇，三者均為臨時性之仿古建物。

鹿耳門天后宮的台江迎神祭，乃鹿耳門天后宮媽祖的出巡遶境，為綏靖地方、聯誼友廟，經由媽祖神示而舉辦，過去曾於1961年、1962年、1984年、1996年、2005年、2012及2021年辦理（2005年之後以「台江迎神祭」名義辦理），每次場面都很盛大，往往造成轟動，第三日回到鹿耳門天后宮入廟，更是神轎、陣頭齊聚，是民俗界的大盛會，是觀賞臺南陣頭表演的絕佳時機。