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清王宮位於台南市最南端仁德區二行里(舊稱二層行)，雖為小村莊，卻蘊藏珍貴台灣歷史，二層行為荷據時期漢人開墾據點，鄭氏時期，鄭成功在台南赤嵌設東都明京，於二層行設置萬年縣治，建衙署，民國97年12月14日原台南縣政府於清王宮廣場設置「古萬年縣治紀念碑」。

清王宮前臨二層行溪，荷據時期稱「清水溪」，明清以後稱「二贊行溪」，咸豐、同治年間稱為「二層行溪」，民國49年台灣省政府改稱「二仁溪」，二層行橋位於清王宮廟前；康熙59年(西元1720年)陳文達《台灣縣志》記載「二層行橋在文賢里，春秋之間，架竹為橋，上覆以土，可通馬車，夏秋水漲，以小舟渡人。橋原係鳳山縣界」。日治時期開闢縱貫鐵路，於大正10年(西元1921年)在二層行溪新建水泥橋，此橋訖今依舊存在。

清王宮創建於嘉慶3年(西元1789年)，廟址附近原為鄭氏時期萬年縣、州治遺址，也是萬年縣、州之行政中心，其地位僅次於東都明京和承天府。鄭氏時期萬年縣、州之協防將領因公殉職後葬於二層行東北邊，後人為感念其功，常至墓前瞻拜，逐漸威靈顯赫，為庄民所共仰。駐守二層行北邊之鹽水埔汛外委(位階如今之警察機關分駐所所長)董詠有感於神威，乃倡議建廟，獲地方耆老和信眾贊同與相助，乃鳩資興建。

廟成後，為紀念開台聖王及對萬年縣、州具有貢獻者，以延平王朱(鄭)成功為朱府千歲(大千歲)；以萬年州首任知府謝岩為謝府千歲(二千歲)；以因公殉職協防將領為清府千歲(三千歲)，合稱「三府千歲」。當時為防止有反清復明之嫌，將廟名訂為「清王廟」，主祀「清府千歲」。