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長興宮的起始可追溯至清康熙年間，當地先民在曾文溪古台江內海拾獲王船，認為是吉兆，便開始在溪旁蓋起草寮成為廟宇參拜，但因古時曾文溪被當地居民稱為《青瞑蛇》，意思就是汛期河道不斷改變亂竄，造成沿岸災情。

在不斷遷村，以及後來河道較為固定之後，長興宮也搬到了現址，在幾百年的歲月裡，當地都還是維持著三年一科的王船祭典。進到長興宮會發現一件有趣的事，就是大殿裡的主神不是神像，而是一面令牌，這在滿是林立廟宇的台南還蠻少見的，王船祭典時會在廟前設置王船，在王船正式下水前一周，會在廟附近的曾文溪畔設下香案24小時不間斷地上香祭祀進行請水儀式，由在地耆老們輪班看守，這是一種幾百年來深植在地人心的信仰也，長興宮附近還保持著非常傳統的鄉間生活與人情，喜歡傳統文化的旅人們絕對不可錯過此處。