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建於咸豐十一年(西元1861年)，位於當時府治東安坊右營埔，是先天派齋教的祖堂。創建時為一簡陋草堂，同治五年(西元1866年)重修。光緒十二年(西元1888年)信徒們為永久計，仍集貲鳩工重建，改為瓦石構造的齋堂，明治二十九年(西元1896年)日本人徵收報恩堂改建臺南醫院，主事鄭良謨遂利用補償費和信徒捐款，遷建至現址。 臺南報恩堂有「台南最美好的傳統木造建築物」美稱。